В настоящее время требования по уплате налогов/пеней/штрафов выставляются налоговым органом даже при наличии переплат. Чтобы произвести зачёт, нужно либо оплатить ЭЦП и создать заявление в личном кабинете ИП (в моём случае стоимость ЭЦП примерно в 20 раз превышала сумму пени), либо лично ехать в налоговую, заполнять бланк, ждать в очереди.
Практический результат
Меньше будет лишних бумаг и лишних забот как у налоговых органов, так и у налогоплательщиков.